Цовид и Омицрон варијанте: лекције из Гама, Јота и Му

Почетком 2021. научници у Колумбији открили су забрињавајући нови тип коронавируса. Ова варијанта, на крају позната као Му, имала је неколико забрињавајућих мутација за које стручњаци верују да би јој могле помоћи да избегне одбрану имунолошког система.

Током наредних месеци, Мо се брзо ширио у Колумбији, Подстицање новог пораста случајева Цовид-19. До краја августа откривена је у десетинама земаља и Светске здравствене организације је именовао „Варијабла од интереса“.

Џозеф Фофер, генетски епидемиолог са Медицинског центра Универзитета Небраска и аутор Недавна студија о променљивој.

Онда је нестало. Данас је варијанта потпуно нестала.

по Делти или Омицрон Постоје гама, јота или му варијанте, које су довеле до локалних испада, али никада нису освојиле глобалну доминацију. И док разумевање Омикрона остаје критичан приоритет јавног здравља, постоје поуке које се могу научити из ових мање сојева, кажу стручњаци.

„Овај вирус нема подстицај да заустави адаптацију и еволуцију“, рекао је Џоел Вертем, молекуларни епидемиолог са Универзитета Калифорније у Сан Дијегу. „А сазнање како сте то радили у прошлости помоћи ће нам да се припремимо за оно што бисте могли да урадите у будућности.“

Студије о надзору такође наглашавају рупе у надзору и грешке у политици – пружајући више доказа да међународна забрана путовања у Америци није била ефикасна – и на оно што вирус делује, сугеришући да је у раној фази пандемије, преносивост била важнија од имунитета избегавање.

Истраживање такође наглашава колико је важан контекст; Променљиве које имају утицај на неким местима не добијају упориште на другим местима. Као резултат тога, тешко је предвидети које ће варијабле порасти до доминације, а задржавање на врху будућих варијабли и патогена захтеваће свеобухватно праћење у скоро реалном времену.

„Можемо много да добијемо ако погледамо секвенцу вирусног генома и кажемо: ‘Један је вероватно гори од другог’“, рекао је др Вертхем.

Овде се види Му

Тхе Вирус корона Стално се мења, а већина нових варијанти остаје непримећена или именована. Али други звоне на узбуну, било зато што брзо постају све чешћи или зато што њихови геноми изгледају злокобно.

Обоје је било тачно за Моа док се ширио у Колумбију. „Садржао је неколико мутација које су људи пажљиво посматрали“, рекла је Мари Петрон, генетски епидемиолог са Универзитета у Сиднеју и ауторка Моеовог новог рада. Неколико мутација спике протеина је документовано у другим имунолошким варијантама, укључујући бета и гама.

У новој студији, која још није објављена у научном часопису, научници су упоредили биолошка својства Му са онима Алфа, Бета, Делта, Гама и оригиналног вируса. Открили су да се Му није реплицирао брже од било које друге варијанте, али је био имунолошки најнеухватљивији – отпорнији на антитела од било које познате варијанте осим Омикрона.

Анализом геномских секвенци узорака Му сакупљених из целог света, истраживачи су реконструисали преваленцију ове варијанте. Закључили су да се Му највероватније појавио у Јужној Америци средином 2020. Затим је кружио неколико месеци пре него што је откривен.

Рекао је да је геномски надзор у многим деловима Јужне Америке „непотпун и непотпун“ Џеси Блум, стручњак за еволуцију вируса у Центру за истраживање рака Фред Хачинсон у Сијетлу. „Да је било бољег праћења у тим областима, можда би било лакше брзо проценити колико је Мо забринут.

Мо је такође представљао још један изазов. Десило се да је имала врсту мутације, познату као мутација померања оквира, што је било ретко у узорцима коронавируса. Ове мутације су означене као грешке када су научници, укључујући др. Фофера, покушали да учитају своје Му секвенце на ГИСАИДмеђународно складиште вирусних генома које се користи за праћење нових варијанти.

Ова компликација је изазвала кашњење у учешћу јавности Мо секвенци. Истраживачи су открили да је време између узимања узорка вируса од пацијента и објављивања на ГИСАИД-у увек било дуже за Му случајеве него за случајеве Делта.

„Сам геном је у суштини стварао вештачке празнине у надзору“, рекао је др Фауфер. „То је резултирало, барем према нашем искуству, да немамо податке недељама када обично покушавамо да их објавимо у року од неколико дана.

(Истраживачи су нагласили важност ГИСАИД-ових система контроле квалитета, а репозиторијум је решио проблем.)

Комбинујте ове недостатке у праћењу са Муовим имуним избегавањем, и изгледало је као да ће алтернатива ускоро кренути. Али то се није десило. Уместо тога, научници су открили да се Мо проширио из Јужне и Централне Америке на друге континенте, али се није проширио када је тамо стигао. „Ово је био показатељ да ова варијанта није нужно тако прикладна за можда северноамеричку и европску популацију као што бисмо очекивали“, рекао је др Петрон.

То је највероватније било зато што се Му нашао у конкуренцији са још страшнијом варијантом: делта. Делта није била тако вешта у избегавању антитела као Му, али је била преносива. „Дакле, на крају се Делта проширила“, рекао је др Блум.

Прави избор, право време

Проучавање успешних варијанти говори само пола приче. „Варијабле које не постају доминантне су, на неки начин, негативне контроле“, рекао је др Петрон. „Они нам говоре шта није функционисало и на тај начин помажу да се попуне празнине у знању о променљивој кондицији.“

Делта је надмашила неколико имуногених варијанти поред Му, укључујући Бета, Гамма и Ламбда. Овај образац сугерише да само избегавање имунитета није било довољно да дозволи варијанти да прерасте високо инфективну верзију вируса – или барем није било током ране фазе епидемије, када је мало људи имало имунитет.

Али вакцинације и вишеструки таласи инфекције променили су имуни пејзаж. Научници су рекли да би алтернатива која је веома отпорна на имунитет сада требало да има већу предност, што је вероватно део разлога за успех Омикрона.

Још једна недавна студија сугерише да имунитет избегава гама у Њујорку Тежи да радиш боље У насељима са вишим нивоом постојећег имунитета, у неким случајевима јер су били тешко погођени у првом таласу Цовида. „Не можемо да видимо нову променљиву у вакууму, јер долази у сенци свих варијабли које су биле пре ње“, рекао је др Вертхем, који је био аутор студије.

Заиста, сукоб варијабли у прошлости открива да успех у великој мери зависи од контекста. На пример, Њујорк је можда био место рођења варијанте Јота, која Први пут је откривено У узорцима вируса прикупљеним у новембру 2020. „Тако да је рано добио упориште“, рекао је др Петрон. Чак и након доласка преносиве Алпха варијанте, Иота је остала доминантна варијанта у граду неколико месеци, пре него што је на крају нестала.

Али у Конектикату, где су Јота и Алфа дебитовали у јануару 2021, ствари су ишле другачије. „Алфа је одмах полетела, ИОТА није имала шансе“, рекао је др Петрони, који је водио операцију. Проучите варијабле у два региона.

Сличан образац већ почиње да се појављује са више сојева Омицрон. У Сједињеним Државама, БА.2.12.1, варијанта која је први пут идентификована у Њујорку, СкинуоДок је био у Јужној Африци, БА.4 и БА.5 покрећу нови бум.

Ово је још један разлог да се проучавају варијанте које су се смањиле, рекла је Сара Ото, еволуциони биолог са Универзитета Британске Колумбије. Алтернатива која није била добро усклађена са одређеним временом и местом могла би да се појави негде другде. У ствари, вероватно је била Моова несрећа што се појавио тако рано. „Можда није било довољно људи са имунитетом да дају подстицај овој варијанти“, Др Ото је рекао.

Али следећа забрињавајућа варијанта могла би да буде потомак, или нешто слично, соја који избегава имунитет који никада није заживео, рекла је она.

Посматрање претходних променљивих може да пружи увид у то шта је успело – или није – да их садржи. Нова студија Гама пружа додатне доказе о томе Међународна забрана путовањабарем онако како га спроводе Сједињене Државе, мало је вероватно да ће спречити глобално ширење варијанте.

Гама је први пут препозната у Бразилу крајем 2020. У мају те године, Сједињене Државе су забраниле већини не-америчких држављана да путују у земљу из Бразила, ограничење које остаје на снази До новембра 2021. Међутим, гама је откривена у Сједињеним Државама у јануару 2021. и убрзо се проширила на десетине земаља.

Пошто Гама никада није заиста доминирала широм света, њена студија распрострањености пружа „чистију“ слику ефикасности забране путовања, рекла је Титјана Васиљева, молекуларни епидемиолог са Калифорнијског универзитета у Сан Дијегу и ауторка студије. „Када је у питању проучавање варијабли као што је делта – нешто што изазива масовне епидемије свуда – понекад је заиста тешко пронаћи обрасце, јер се то дешава у веома великом обиму и веома брзо“, рекла је она.

Др Фауфер је рекао да у глобалној здравственој ванредној ситуацији која је у току, са вирусом који се брзо мења, постоји разумљив разлог да се фокусирамо на будућност. Док се пажња света окренула ка Делти, а потом и Омикрону, он и његове колеге су расправљали да ли да наставе са проучавањем старих вести Му.

сећа се др. „Али мислимо да још увек има простора за висококвалитетне студије које постављају питања о већ постојећим варијаблама које изазивају забринутост и покушавају да преиспитају шта се догодило.